«Si les faits sont avérés, ils sont évidemment très graves», avait réagi l'Elysée au moment de la révélation de l'affaire Pegasus. Depuis, la présidence de la République reste muette, y compris face aux sollicitations du journal Le Monde. Dans un article publié le 30 juillet, le quotidien s'étonne ainsi que «douze jours après les révélations, malgré les demandes régulières du Monde, l’Elysée n’a toujours pas communiqué sur les résultats de ces analyses, ne serait-ce que pour écarter la thèse d’un piratage au plus haut sommet de l’Etat.»
Plusieurs questions demeurées sans réponses sont égrenées : si le chef de l'Etat abordait des sujets confidentiels dans son téléphone infecté, si d'autres membres du gouvernement étaient également concernés ou encore si des pays européens utilisaient le logiciel Pegasus.
Le fondateur de Mediapart, Edwy Plenel, jugeait quant à lui le 30 juillet qu'un tel silence était «incompréhensible» et estimait par ailleurs que lire «la liste des questions d’intérêt public auxquelles le pouvoir ne répond pas [permet de] comprendre que ce silence cache quelque chose».
Le journal Le Monde rapporte également avoir pu faire analyser le téléphone de François de Rugy, ancien ministre de la Transition écologique, par le laboratoire d’Amnesty international. S'il ne semblait comporter aucune trace d'infection par le logiciel Pegasus, des signes d’un ciblage en provenance du Maroc auraient été détectés. L'ONG a d'ailleurs partagé sa méthodologie, permettant ainsi à l'ANSSI (Agence nationale de la sécurité des systèmes d'information) de procéder à ses propres vérifications.
Des analyses de la police judiciaire avaient par ailleurs déjà confirmé l'utilisation de Pegasus sur plusieurs cibles françaises. France Info fait notamment état des investigations policières en évoquant les propos d'un journaliste de France24 : l'analyse de son téléphone aurait confirmé son ciblage. Les analyses des téléphones d'autres journalistes, comme celui d'Edwy Plenel, avaient déjà été effectuées et confirmaient la présence du logiciel espion.
Le logiciel Pegasus, dont l'utilisation a été révélée par un consortium de journalistes dont Le Monde, aurait permis d'espionner les numéros d'au moins 180 journalistes, 85 militants des droits de l'homme ou encore de 14 chefs d'Etat dont le président français Emmanuel Macron. Ce dernier se serait néanmoins entretenu personnellement avec le Premier ministre israélien, Naftali Bennett, à ce sujet.