Les deux auditions successives devant le Parlement européen n'auront donc pas suffi à lever les «doutes» sur son intégrité. La candidature de Sylvie Goulard au poste de commissaire responsable du marché intérieur, de l’industrie, du numérique, de la défense et de l’espace, a été rejetée par les eurodéputés. 82 eurodéputés ont voté contre sa candidature, 29 pour et un se serait abstenu, selon les mêmes sources.
Ce revers constitue, de l'avis du très europhile journaliste Jean Quatremer «une claque majeure pour Emmanuel Macron qui a imposé cette candidate contre l’avis de tous».
Lors d'une première audition peu convaincante devant les eurodéputés, puis d'une seconde, la candidate française avait dû s'expliquer sur sa démission, en juin 2017, de son poste de ministre des Armées après sa mise en cause dans une enquête judiciaire en France sur des emplois présumés fictifs d'assistants des eurodéputés du Mouvement démocrate (MoDem). L'Office européen de lutte antifraude (OLAF) avait également ouvert une enquête sur la même affaire, sans aboutir pour l'heure à une mise en examen de Sylvie Goulard.
Des interrogations avaient également été émises sur ses activités ayant justifié d'importantes rémunérations obtenues entre 2013 et 2016 de l'institut Berggruen, un think tank américain fondé par le milliardaire germano-américain Nicolas Berggruen, alors qu'elle était députée européenne. En tant que consultante, elle aurait ainsi touché plus de 10 000 euros mensuels entre octobre 2013 et janvier 2016, alors qu'elle était eurodéputée.
Après le rejet de la candidature de Sylvie Goulard, l'Elysée a estimé que celle-ci avait «fait l’objet d’un jeu politique qui touche la Commission européenne dans son ensemble». «Le président échangera avec [la présidente de la Commission] Ursula von der Leyen pour examiner les suites à donner, dans le respect du portefeuille attribué à la France», a ajouté la présidence française.