Pour l'heure, Téhéran a réagi par l'intermédiaire du conseiller du président du parlement de la République islamique d'Iran, Hossein Sheikholeslam. «C'est la première fois que j'entends parler d'une telle décision d'un tribunal américain. Cela est surprenant, parce que le tribunal n'a aucune raison d'imposer une telle peine à l'Iran. L'Iran n'a pas participé à une audience publique liée aux événements du 11 septembre 2001», a-t-il affirmé à l'agence Sputnik. Une décision incomprise par l'Iran d'autant plus qu'aucun des dix-neuf pirates de l'air du 11 septembre n'était de nationalité iranienne. Quinze d'entre eux étaient saoudiens, deux étaient émiratis, alors que les deux autres étaient égyptien et libanais. Précédemment accusée pour son implication directe dans cette attaque, l'Arabie Saoudite n'a quant à elle pas été condamnée.
Aux Etats-Unis, le rôle de Téhéran lors de ces attentats a été débattu à plusieurs reprises au cours de ces dernières années. Le rapport de la Commission du 11 septembre a affirmé que certains pirates de l'air ont voyagé à travers l'Iran sans avoir tamponné leurs passeports. En outre, il a ajouté que le Hezbollah soutenu par l'Iran et considéré comme une organisation terroriste aux Etats-Unis, a prodigué «des conseils et une formation» aux membres d'Al-Qaïda. Sur ce dernier aspect, dans un document judiciaire déposé en 2011, les plaignants ont affirmé que le Hezbollah a «fourni un soutien matériel» à la nébuleuse terroriste.
Néanmoins, ce rapport ne cite aucune preuve pour suggérer que l'Iran était informé de ces attentats. «Les gens qui ont commis ces attentats terroristes ne sont ni amis ni alliés de l'Iran» a déclaré à Sputnik Emad Abshenas, analyste politique et économique iranien. «Les membres d'Al-Qaïda étaient nos ennemis jurés, ils considéraient l'Iran comme leur ennemi» a-t-il ajouté.
Selon Bloomberg, il semble très difficile voire impossible d'obtenir des dommages-intérêts d'un autre pays, mais les plaignants pourrait tenter d'y parvenir en ciblant les fonds iraniens gelés par les Etats-Unis.