Le 23 novembre le président azerbaïdjanais Ilham Aliyev s'est rendu dans le secteur d'Aghdam, territoire repris par Bakou dans le cadre de l'accord de fin des hostilités entre l'Arménie et l'Azerbaïdjan signé le 9 novembre dernier sous l'égide de la Russie. Après une visite symbolique d'une mosquée lors d'un discours il a abordé l'avenir des églises chrétiennes sur le territoire du Haut-Karabagh. Le chef de l'Etat a appelé à ne pas s'inquiéter du sort de ces lieux de culte qui sont désormais sous le contrôle de Bakou, soulignant qu'ils font partie du «patrimoine historique» du pays.
«Aujourd'hui, alors que la guerre est finie, certains dirigeants occidentaux se demandent ce qui adviendra des églises chrétiennes se trouvant sur les territoires qui sont passés sous le contrôle de l'Azerbaïdjan. Ils le disent lors d’échanges avec moi et expriment leur inquiétude dans des déclarations officielles. [Ils ne doivent pas] s'inquiéter, en particulier les dirigeants de pays occidentaux qui attisent les sentiments islamophobes, ferment les yeux sur la profanation des sanctuaires musulmans et justifient même ceux qui le commettent», a déclaré Ilham Aliyev sans pour étant désigner un pays concret.
Le président a souligné que tous les monuments historiques du pays étaient protégés par l'État. Ainsi, selon lui, deux églises orthodoxes sont actuellement en cours de restauration dans le pays et une autre a déjà été restaurée. «Toutes les églises [situées] sur notre territoire sont notre patrimoine historique», a noté Aliyev mettant en garde contre toute ingérence dans les affaires de l'Azerbaïdjan.
Certains médias ont déjà dénoncé «des risques avérés de dégradation» des lieux de cultes arméniens après leur reprise par l'Azerbaïdjan, pays majoritairement musulman. Certains craignent que c'est la tradition chrétienne dans cette région qui peut de nouveau être menacée. Fin octobre la CSI (Christian Solidarity International), une organisation chrétienne œcuménique internationale, a lancé une pétition adressée au président de la République française lui demandant de s’engager «en faveur de la protection de la population arménienne dans le Haut-Karabagh». De son côté le Sénat français va demander «la reconnaissance de la République du Haut-Karabagh», le vote étant prévu le 25 novembre.
Selon l'accord de cessez-le-feu conclu le 9 novembre après six semaines de guerre meurtrière dans le Haut-Karabagh, l'Azerbaïdjan reconquiert de vastes territoires qui étaient sous contrôle arménien depuis le début des années 1990. L'accord prévoit que les belligérants gardent les positions qu'ils occupent au moment de la conclusion de l'accord. Sur le terrain cela se traduit par le fait que l'Azerbaïdjan regagne ainsi le contrôle de secteurs autour du Haut-Karabagh, mais aussi des territoires au sein de cette enclave arménienne.