Plusieurs associations et organisations de la société civile à Gao avaient appelé à manifester le 12 juillet pour dénoncer «plusieurs injustices» concernant la mise en place des nouvelles autorités. En dépit de l'interdiction pour cause d'état d'urgence, des centaines de jeunes sont sortis dans les rues, à pied ou à moto. Des pneus ont été brûlés en plusieurs endroits de la ville et les marchés ont fermé, ont raconté des témoins.
Des forces de sécurité sont intervenues pour disperser les manifestants. Des témoins ont fait état de tirs de gaz lacrymogènes et à balles réelles. En milieu d'après-midi, il y avait «trois morts par balle», tous des hommes et «31 blessés dont deux femmes» à l'hôpital de Gao, a affirmé un responsable de cet établissement.
Le gouvernement malien a reconnu qu'il y avait «trois morts et des blessés tant du côté des manifestants que des forces de l’ordre», dans un communiqué. Il a annoncé «une mission de haut niveau [qui] se rendra sans délai à Gao» et s'est engagé «à diligenter une enquête indépendante et impartiale» sur ces événements.
Les manifestants dénonçaient notamment le fait que le président de chaque nouvelle autorité intérimaire soit «le chef de l'exécutif local» et que ses décisions soient exécutoires immédiatement, leur légalité n'étant contrôlée par le représentant de l'Etat qu'à posteriori. Cette disposition est rejetée par plusieurs organisations politiques et de la société civile maliennes, qui arguent de la non-représentativité ou de la non-légitimité de ces dirigeants temporaires.
Outre les autorités intérimaires, l'accord de paix de 2015 prévoit aussi un processus de désarmement, de démobilisation et de réinsertion des groupes armés pro-Bamako et de l'ex-rébellion qui se sont affrontés . Il vise à isoler définitivement les groupes djihadistes qui avaient pris le contrôle de ces vastes régions en mars-avril 2012.
Ces groupes en ont été en grande partie chassés à la suite du lancement en 2013, à l'initiative de la France, d'une intervention militaire internationale, qui se poursuit actuellement.Cependant, des zones entières échappent encore au contrôle des forces maliennes et étrangères, y compris de la force de la Minusma, qui a enregistré une recrudescence d'attaques ayant fait une trentaine de Casques bleus tués en un an.
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