Devenue une référence sur les évolutions de la pandémie en France, la plateforme CovidTracker a récemment fait savoir dans sa section «Omicron» que le suivi du variant n'était «plus possible». Guillaume Rozier, fondateur du site, s'est exprimé le 29 décembre sur le sujet, affirmant notamment que la France avait «cassé les seules données publiques [...] permettant de bien suivre la progression du variant Omicron». S'il précise qu'il reste possible de «limiter les dégâts» et de retrouver prochainement un suivi d'Omicron, il dénonce le fait que le «thermomètre des open data» soit «cassé à un moment où on en avait besoin», en pleine explosion de ce variant du Covid. De son côté, Santé publique France explique ce phénomène par une «période de transition» consécutive à un changement de méthode.
Pourquoi effectuer une telle transition au pire moment ?
Dans la série de publications qui suit son tweet initial, le jeune ingénieur évoque la décision du gouvernement français d'avoir changé les méthodes de «criblage» du virus qui, en complément du «séquençage», permettent de détecter facilement et rapidement l'évolution sur le territoire de certaines mutations sélectionnées. Guillaume Rozier fait ici référence à une «actualisation de la doctrine de criblage» rendue publique le 17 décembre sur le site du ministère de la Santé.
«La Direction générale de la Santé (DGS) a décidé de chambouler les méthodes de criblage pour "mieux suivre Omicron", en communiquant peu d’infos», assure entre autres le fondateur de Covidtracker qui déplore le fait que Santé publique France ne publie pour l'heure en open data que les données concernant «l’ancien système», et ce, malgré l'instauration d'un nouveau code permettant de suivre certaines mutations précises du variant Omicron. Une transition qui arrive au «pire moment», regrette en substance Guillaume Rozier.
Contactée par Libération, Santé publique France (SPF) confirme que les indicateurs disponibles en open data sont «toujours basés sur l’ancienne nomenclature», désormais minoritaire. Dès lors, précise SPF, ces données sont «sous-estimées et à interpréter avec précaution car la nouvelle nomenclature [...] liée aux nouveaux kits de criblage, en cours de déploiement dans les laboratoires, n’est pas encore prise en compte». L'agence publique reconnait donc le problème soulevé par Guillaume Rozier, qu'elle attribue à une «période de transition», et assure que la situation sera résolue prochainement.
«On m’indique que la situation évoquée dans ce thread pourrait être résolue rapidement. Bon courage aux personnes impliquées», a pour sa part finalement écrit le fondateur de CovidTracker, devenu en juillet 2021 Chevalier de l'ordre national du Mérite, décoré par Emmanuel Macron en personne.
En tout état de cause, les autorités sanitaires françaises n'écartent pas la possibilité de faire évoluer les méthodes d'analyse des variants du virus. «Afin de tenir compte des données complémentaires sur Omicron et de la pertinence de rechercher d’autres mutations qui n’auraient pas été identifiées à date, la nouvelle doctrine de criblage fera l’objet d’une réévaluation au 20 janvier», a récemment fait savoir la DGS à ce sujet.