Alors que le 31 août marquait la date de départ en retraite universitaire du professeur, Didier Raoult a affirmé sur son compte Twitter le 2 septembre demeurer toutefois le directeur de l'IHU Méditerranée – poste qu'il pourrait néanmoins devoir potentiellement quitter dans quelques jours. Il a annoncé dans la foulée se rendre en mission au Gabon.
Pour rappel, François Crémieux, le directeur général de l'Assistance publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM), avait confirmé le 19 août à l'AFP la volonté de l'AP-HM de «tourner la page» Didier Raoult à la tête de l'IHU Méditerranée Infection et de lui trouver un successeur. L'annonce de la mise en retraite du professeur Didier Raoult avait alors suscité une vague de protestations lors des manifestations contre le pass sanitaire, où fusaient des slogans tels que «Touche pas à Raoult».
«Il y a un besoin de tourner une page et d’organiser l’avenir de l’IHU pour les vingt ans à venir. Il faut aller vite, lancer le processus à l’automne pour aboutir entre la fin de l’année et le début 2022. Nous sommes en pleine pandémie mondiale, et nous avons besoin de cet institut, qui est un formidable outil, et de ses chercheurs», avait également déclaré François Crémieux dans des propos repris par Le Monde le 18 août.
Néanmoins, un Conseil d'administration devrait se rassembler le 17 septembre afin de désigner, ou non, un successeur au célèbre professeur, ainsi que le rapportait 20 minutes.
De passage dans l'émission Touche pas à mon poste sur C8 le 30 août, Didier Raoult avait commenté au sujet des déclarations de François Crémieux : «Il rêve un peu [s'il pense pouvoir imposer mon départ] parce que l'IHU est créé par une loi, qui a un conseil d'administration dans lequel il y a 20 personnes qui s'expriment».
A CNews, le professeur avait par ailleurs accusé François Crémieux de vouloir «faire le ménage», ajoutant : «C'est le grand copain de Martin Hirsch [directeur général de l'AP-HP, les hôpitaux publics parisiens] et comme j'ai dit ce que je pensais de la gestion de Paris, qui a été absolument épouvantable, il m'en veut beaucoup.»