Le pass sanitaire a-t-il une utilité dès lors que les vaccinés peuvent contaminer les individus non vaccinés mais détectés négatifs lors des tests PCR ou antigéniques ? Pour le médecin très présent sur les plateaux de télévision, Martin Blachier, la réponse est non. Sur RMC le 27 août, il considère d'ailleurs que ce dispositif est «une hérésie» dans la mesure où «on sait maintenant que le vaccin protège contre l'hospitalisation et ne protège pas contre la transmission ou très peu». «Ce n'est pas moi qui le dis, c'est tous les spécialistes mondiaux et, en France, c'est Arnaud Fontanet, c'est Jean-François Delfraissy, c'est même le ministre de la Santé qui l'a concédé», a-t-il ajouté, argumentant : «Donc à partir du moment où le vaccin ne protège pas contre la transmission, le pass sanitaire est totalement stupide. C'est à dire que vous enfermez dans des lieux de contamination, dans des boîtes de nuit, dans des bars, dans des open space, des gens qui sont vaccinés transmissibles avec des gens qui sont PCR négatifs, antigènes négatifs et qui peuvent donc se contaminer [...] Les vaccinés contaminent les autres.»
En effet, le président du Conseil scientifique, Jean-François Delfraissy, défenseur du pass sanitaire, a assuré dans plusieurs interviews récentes – dont l'une sur France 2 le 25 août – que le vaccin contre le Covid-19 «protége[ait] (encore) bien contre les formes sévères et graves mais moins bien contre l'infection». Sur Europe 1 le 26 août, il a estimé qu'avec la vaccination, «on avait 50% de protection contre l'infection».
L'épidémiologiste Arnaud Fontanet a pour sa part confirmé sur France inter le 23 août que la vaccination réduisait les formes graves et la contamination mais celle-ci, pour lui, n'est réduite qu'à 60%.
Lors d'un point presse le 26 août, le ministre de la Santé, Olivier Véran − qui a en outre prévenu que «le pass sanitaire pouvait être prolongé au-delà du 15 novembre «si le Covid ne disparaissait pas de nos vies» − a pour sa part avancé que la vaccination n'empêchait pas dans de «rares cas d'attraper le virus et de le transmettre» mais que «ce risque [était] réduit par six».
En ce sens, l'ONG Médecins du monde estime que «tant que la vaccination ne sera pas effective pour tous, le pass sanitaire ne peut être une solution envisageable», le considérant notamment comme «discriminant [pour] les non vaccinés».
De rares médecins se sont aussi élevés contre l'instauration d'un pass sanitaire en France, tout en étant favorable à la vaccination, à l'instar de Geneviève Bourgeois, responsable du service gériatrique de l'hôpital Saint-Jean à Briare. Lors d'une mobilisation anti-pass sanitaire le 30 juillet, elle dénonce auprès de La République du centre : «Si on s'est levés, c'est parce qu'on ne peut pas obliger les soignants en les menaçant [...] C'est contraire au droit du travail et au secret médical. Ici, il y a des vaccinés et des non-vaccinés. Macron est en train de créer une scission. [...] Les gens qui ont un risque de développer une forme grave ont raison de se faire vacciner. Mais sans facteur de risque, le vaccin ne permet pas une immunité collective.»
L'urgentiste et chroniqueur sur LCI, Gérald Kierzek, est lui aussi critique vis-à-vis du pass sanitaire, le jugeant «médicalement inutile et éthiquement inacceptable». Pour Le Figaro le 26 juillet, il affirme par ailleurs que «conditionner le relâchement des gestes barrières par le passe sanitaire et la vaccination est dangereux». «Le vaccin ne protège pas à 100 % ni à titre individuel (formes graves) ni collectif (transmission)», poursuit-il.