Le 21 octobre, le parquet national antiterroriste a annoncé la mise en examen de sept individus dans le cadre de l'enquête sur la mort de l'enseignant Samuel Paty. Six sont accusés de «complicité d'assassinat terroriste».
Le parent d'élève Brahim Chnina, le militant islamiste Abdelhakim Sefrioui, ainsi que deux amis de l’assaillant de Samuel Paty – Naïm B. (18 ans) et Azim E. (19 ans) – ont été mis en examen pour ce chef d'accusation. Un troisième proche d'Abdoullakh Anzorov, Yussuf C., est quant à lui lui poursuivi pour «association de malfaiteurs terroriste en vue de commettre des crimes d'atteintes aux personnes».
Tous ont été placés en détention provisoire, sauf Brahim Chnina en attente d'un débat sur cette question. Deux collégiens de 14 et 15 ans, accusés d'avoir désigné contre rémunération l'enseignant à l'assaillant, ont aussi été mis en examen pour «complicité d'assassinat en relation avec une entreprise terroriste», mais ils ont toutefois été laissés libres sous contrôle judiciaire. Le parquet antiterroriste avait requis le placement en détention pour au moins un des collégiens, contre l'avis des juges d’instruction.
Brahim Chnina, 48 ans, et Abdelhakim Sefrioui, 61 ans, sont accusés d'avoir «nommément désigné comme une cible sur les réseaux sociaux l'enseignant d’histoire-géographie» avec une «réinterprétation des faits», selon le procureur antiterroriste Jean-François Ricard qui s'exprimait lors d'une conférence de presse dans l’après-midi du 21 octobre.
Selon l’avocat d’Abdelhakim Sefriou, «il y a des commanditaires qui sont derrière cet attentat et qui sont certainement ravis de voir que l'enquête se focalise sur des comparses périphériques, qui n'ont jamais voulu une telle horreur». «Monsieur Sefrioui n'avait aucune idée de ce qui allait se passer, il n'y a eu aucun contact entre eux, rien ne dit même qu'Anzorov ait vu sa vidéo», a-t-il assuré. Toujours selon l'avocat, «les personnes dangereuses, qui ont formé Anzorov, sont à l'abri et vont en former d’autres».
Le procureur antiterroriste a souligné que l'assassinat de Samuel Paty s'inscrit dans un «contexte d'appels aux meurtres» lancés depuis la republication des caricatures de Mahomet par Charlie Hebdo début septembre, avant l'ouverture du procès des attentats de janvier 2015 à Paris. Dans un message envoyé sur les réseaux sociaux après avoir posté la photo de sa victime, Abdoullakh Anzorov avait annoncé dans un russe hésitant qu'il avait «vengé le prophète», en reprochant au professeur de l'avoir «montré de manière insultante» sur une caricature publiée en 2012 par Charlie.