Selon le site d'information l'Indépendant, plusieurs parents d'élèves auraient signalé à la municipalité le caractère religieux de l'enseignement dispensé dans les écoles primaires Pasteur-Lamartine, Ferry et Duruy.
Avertie de cette dérive, la ville aurait alors saisi l'inspection académique qui a par la suite établi un rapport. Selon Michel Rouquette, directeur de l'académie, «aucune observation négative sur le déroulé des cours n'a été enregistrée tout comme nous n'avons pas eu de plainte de parents. Il y a une vigilance forte de nos services dans le cadre de ces accords binationaux. Des préconisations pédagogiques ont été faites, mais rien d'inhabituel. Si on avait connaissance de faits graves, j'aurais pris une décision sur le champ».
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Une appréciation loin d'être partagée par le maire de Perpignan, Jean-Michel Pujol. Ce dernier, a décidé en septembre 2015 de mettre fin au cours spécifiques de langue arabe dans les écoles primaires publiques de la ville en refusant catégoriquement de mobiliser des salles et du personnel pour la tenue des cours entrant dans le cadre du dispositif Elco (enseignement de langues et de de cultures d'origine). Malgré le rappel à l'ordre du directeur de l'académie, l'élu a décidé de maintenir sa décision et fait savoir qu'il se rendrait dans les écoles à l'heure où sont dispensés ce type de cours. Selon lui, le dispositif «ne serait pas un grand succès du fait de l'important taux d'absentéisme des élèves enregistrés».
«Ce dispositif, dont j'ignorais l'existence jusqu'à cette dernière rentrée, est une erreur. C'est le contraire qu'il faut faire en renforçant les enseignements du français. Car on constate dans les quartiers difficiles, après le retour de vacances, que les élèves régressent en français. Sans mon accord, les cours se tiennent toujours à Perpignan, alors que l'on me fait remarquer du prosélytisme religieux dans certaines écoles par un professeur», a-t-il affirmé.
L'enseignant en langue arabe, principal accusé dans cette affaire, est absent depuis plusieurs semaines. Un courrier a été adressé à l'ambassade d'Algérie en France afin d'en connaître les raisons.