L'archevêque de Lyon, Monseigneur Philippe Barbarin, a annoncé qu'il relevait de ses fonctions le prêtre. «A la suite de la publication d'une tribune signée par le père Hervé Benoît, et après avoir pris le temps de le rencontrer et de l'écouter, j'ai décidé (…) de le relever de ses différentes charges pastorales dans le diocèse de Lyon», a-t-il annoncé dans un communiqué. Il lui a également conseillé «de se retirer immédiatement dans une abbaye pour prendre un temps de prière et de réflexion».
Le 20 novembre, soit une semaine jour pour jour après le massacre du Bataclan, où 90 personnes venues écouter le groupe de rock Eagles of Death Metal avaient trouvé la mort, le prêtre catholique avait signé un papier controversé sur le site traditionaliste Riposte Catholique. Il y renvoyait dos à dos le groupe de musique, dont il traduit le nom par «les Aigles de la Mort Métal», ses fans, et les terroristes.
«Regardez les photos des spectateurs quelques instants avant le drame. Ces pauvres enfants de la génération bobo (…) Mais ce sont des morts-vivants. Leurs assassins, ces zombis-haschishin, sont leurs frères siamois. Mais comment ne pas le voir ? C’est tellement évident ! Même déracinement, même amnésie, même infantilisme, même inculture…», y écrivait-il. Evoquant des paroles du groupe, qui chantait «j’aimerai le diable et sa chanson !», il mettait en cause «le drame de l’humanisme athée, qui aime le diable, la mort, la violence, et qui le dit… et qui en meurt».