Emmanuel Macron a proposé le 9 septembre la mise en berne des drapeaux sur tous les bâtiments publics au lendemain de l'annonce du décès de la reine, et le jour des funérailles le 19 septembre. Dans la foulée, Elisabeth Borne a alors adressé un courrier à l'Association des maires de France pour appuyer la demande auprès des maires.
Le premier magistrat de Bourges divers gauche (ex-PS), Yann Galut, a déclaré le 11 septembre respecter «la douleur de nos amis anglais» mais affirme qu'il ne mettra «pas les drapeaux français sur le fronton des bâtiments municipaux de la ville de Bourges demandée par Elisabeth Borne». «Cette demande me paraît incroyable», a-t-il déclaré.
Le 9 septembre, le maire La France insoumise de Faches-Thumesnil dans le Nord, Patrick Proisy, a confirmé qu'il n'appliquerait pas «l'ordre de la Première ministre Elisabeth Borne de mettre en berne les drapeaux sur la commune de Faches-Thumesnil». «Est-ce fait pour tous les chefs d'Etat qui décèdent ? Notre République fait-elle de la préférence pour une monarque, cheffe d'une Eglise ?», questionne-t-il.
La reine Elizabeth II a entamé le 11 septembre un ultime voyage, son cercueil quittant le domaine royal de Balmoral en Ecosse, pour passer la nuit à Edimbourg, salué par des milliers de personnes émues massées le long du parcours. Il rentrera le 13 septembre à Londres, avant les funérailles d'Etat le 19 septembre.