Lors des conflits américains qui ont suivi le 11 septembre 2001, le général Mike Flynn a d'abord coordonné les forces spéciales de l'armée avant de prendre la tête de la Defense Intelligence Agency (DIA – l'agence de défense américaine). Aujourd'hui à la retraite, il revient sur la politique américaine en Irak et en Afghanistan de manière critique. Outre les nuisances de la guerre des drones, l'ancien militaire estime que les invasions américaines en Irak et Afghanistan ont contribué à la création de l’État Islamique. Il estime aussi que les soldats américains impliqués dans des actes de torture de prisonniers doivent être poursuivis pour leurs actions.
Alors qu'il était en poste à la DIA, Flynn faisait parti de ceux qui souhaitaient voir le Président américain Barak Obama mener une politique plus belliciste. Malgré cette position radicale, l'usage de la force ne devait pas aller jusqu'à l'utilisation des drones, selon lui : «quand on lâche une bombe depuis un drone, on cause plus de dommage qu'on ne fait de bien», affirme-t-il. Interrogé sur le fait que la guerre des drones participe à la création de terroristes, il répond : «je ne nie pas cela», qualifiant l'utilisation des drones d'«échec stratégique». «Tout ce que nous faisons nous enfonce dans le conflit», continue-t-il. «Plus nous donnons des armes, plus nous lâchons des bombes, plus nous enflammons le conflit».
En Irak, le général Flynn a aidé à transformer l'organe de coordination des forces spéciales – dont il était à la tête, en une unité gérée directement par les services de renseignement. Avec du recul, il estime que l'invasion en Irak a été une erreur qui a directement contribué à la création du groupe État Islamique : «nous avons clairement jeté de l'huile sur le feu», concède-t-il, ajoutant que «l'Histoire ne regardera pas avec bienveillance les décisions que nous avons prises en 2003».
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Ce n'est pas la première fois que le militaire tient des propos qui déstabilisent la ligne directrice américaine sur sa politique au Moyen-Orient. En 2010, le général avait publié un rapport sur les opérations de renseignement en Afghanistan. Il y disait notamment que l'armée américaine n'était apte à répondre à aucune «question essentielle» concernant le pays et sa population, malgré une décennie d'occupation militaire sur le territoire afghan. Plus tôt en 2015, il s'est exprimé sur un rapport du Sénat sur la pratique de la torture par la CIA, affirmant que celle-ci avait abîmé les valeurs fondamentales des États-Unis et que, à terme, le pays «se penchera sur le sujet, et ça ne sera pas une belle image».
Interrogé sur la question des prisons américaines en Irak, lors du pic du conflit, le général Flynn a nié toute implication personnelle, tout en pointant du doigt les militaires américains qui en sont responsables. «J'espère qu'à mesure que des révélations sont faites, les gens vont être tenus pour responsables de leurs actions», a-t-il dit. «L'Histoire ne sera pas indulgente vis-à-vis de ce type d'agissements […] nous devons y répondre et en prendre la responsabilité pour les nombreuses années à venir».