Le 20 avril, le chef du Service fédéral de sécurité russe (FSB), Alexandre Bortnikov, a fait savoir qu’il connaissait l'identité du commanditaire de l'attentat du métro de Saint-Pétersbourg du 3 avril. Pour autant, son nom n'a pas été dévoilé.
Au total, dix personnes soupçonnées d'être impliquées dans l'attentat ont été interpellées par les autorités russes depuis le drame. Le 17 avril, les services de renseignement russes ont déclaré avoir interpellé Abror Azimov, suspecté d'avoir organisé l'attaque. D’après les éléments de l’enquête, l'homme a admis avoir participé à la mise en oeuvre l’attentat.
Le 20 avril, le comité d’enquête russe a également annoncé qu'Akram Azimov, frère d'Abror Azimov, avait téléphoné à Akbarjon Djalilov, le kamikaze supposé ayant réalisé l'attentat, et lui avait transféré de l’argent. Akram Azimov aurait reçu cet argent d'un membre d’un groupe terroriste international, lors de déplacements en Turquie. Néanmoins, le nom du groupe terroriste n'a pas été précisé.
Le 3 avril, une bombe artisanale a explosé entre les stations de metro Sennaïa Plochtchad et Tekhnologuitcheski Institout à Saint-Pétersbourg. Le kamikaze avait aussi déposé une bombe dans une autre station de métro du centre-ville, désamorcée à temps. Les motivations du suspect, né au Kirghizstan, restent inconnues, mais le Comité d'enquête a indiqué examiner ses éventuels liens avec le groupe Etat islamique, qui n'a pas revendiqué cette attaque.