Son cas avait provoqué un scandale politique majeur en Italie et ému l'opinion publique sur la liberté d'action des espions américains de la CIA en «pays ami».
Tout commence en février 2003, à Milan. Abou Omar se rend à la Mosquée pour la prière du soir lorsqu'il est interpellé par des carabinieri. Poussé de force dans un van par des agents, dont certains sont Américains, l'imam est transféré illico en Egype où il est remis aux services de sécurité du Caire. Soupçonné d'être lié au terrorisme international - Abou Omar sera d'ailleurs condamné pour ces faits - l'homme est interrogé (il dit qu'il a été torturé) puis détenu au secret pendant près d'un an.
Face au tollé suscité par cet enlèvement-transférement illégal, la justice italienne s'était rapidement saisi de l'affaire. 23 Américains- 22 agents de la CIA, 1 officier des forces armées américaines avaient été jugés responsables ainsi que plusieurs hauts responsables des services de renseignement militaires italiens (Sismi). Tous avaient été condamnés à des peines de prison allant de 7 à 10 ans. Mais la justice italienne n'a jamais demandé l'extradition des agents américains, et elle finira même, en 2014, par annuler les peines des espions italiens, les preuves les incriminant étant couvertes par «le secret d'Etat».
«Le secret d'état ne saurait être utilisé pour garantir l'impunité à des accusés» a tempêté l'avocat de l'imam devant les juges strasbourgeois. De son côté, la représentante du gouvernement italien, Paola Accardo, a fait valoir que «l'imam a été enlevé exclusivement par des agents de la CIA et n'a jamais été aux mains des autorités italiennes». Les juges de la CEDH se sont donnés plusieurs mois pour trancher dans cet épineux dossier.