Pour l'administration israélienne, Human Rights Watch serait une organisation «extrémiste, hostile, et ayant un agenda anti-israélien». En résulte le refus catégorique de délivrer un permis de travail pour le directeur américain de l'antenne de l'ONG, Omar Shakir, en Israël et dans les territoires palestiniens.
Dans la lettre émise par le ministère des Affaires étrangères israélien, l'administration justifie sa décision, arguant que «les activités publiques et les rapports [de l'ONG] sont tournées au service de la propagande palestinienne, tout en se présentant faussement sous la bannière des "droits de l'homme"».
Le porte-parole du ministère des Affaires étrangères israélien a confirmé cette information et les motivations de son administration, mais assuré que l'organisation n'était pas interdite et que ses employés israéliens et palestiniens pourraient poursuivre leurs activités.
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Interrogé par The Guardian, Omar Shakir a déclaré :«Nous avons très peu de relations avec les gouvernements de Corée du Nord, du Soudan, de l'Ouzbékistan [...] où il n'y a aucune considération pour les droits de l'homme. Avec cette décision, Israël rejoint cette liste.»
L'ONG a condamné ce refus, le qualifiant de «tournant de mauvaise augure», ajoutant que cela «devrait inquiéter toute personne soucieuse de l'engagement d'Israël à respecter les valeurs démocratiques».
Human Rights Watch a aussi souligné avoir publié des rapports concernant des violations des droits de l'homme des deux côtés, mentionnant notamment des exactions qui auraient été perpétrées par le Hamas à Gaza.
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