Le ministère de la Justice a indiqué que ce rapport était «totalement faux et destiné à ternir la réputation de la Syrie dans les instances internationales», selon l'agence de presse officielle Sana.
Dans son rapport, Amnesty a indiqué que les personnes exécutées entre 2011 et 2015 dans la prison de Saydnaya, au nord de Damas, étaient en majorité des civils qui s'opposaient au régime de Bachar al-Assad.
L'ONG a dénoncé une «politique d'extermination» et estimé que ces exécutions «constituaient des crimes de guerre et de crimes contre l'Humanité».
Le ministère de la Justice a démenti que de telles exécutions aient eu lieu sommairement car le processus judiciaire syrien doit respecter «plusieurs étapes».
Le rapport d'Amnesty International a été publié moins de deux semaines avant un nouveau round de pourparlers à Genève entre régime et opposition sous l'égide l'ONU pour tenter de trouver une issue au conflit qui a fait plus de 310 000 morts depuis mars 2011.