Selon les informations de la chaîne de télévision française M6, le pilote du vol MS804 aurait communiqué quelques minutes avec les autorités aéroportuaires grecques avant le crash rapportant, vraisemblablement, la présence de fumée à bord, dont on ignore encore l'origine. L'incident aurait alors poussé le pilote à engager une procédure d'urgence visant à accélérer la descente de l'appareil afin d'entraîner une dépressurisation susceptible d'évacuer la fumée.