Le porte-parole de la police locale, Jürgen Thalmeier, a déclaré que les trains étaient entrés en collision entre les gares locales d'Holzkirchen et de Rosenheim. L'incident est survenu le 9 février à environ 7 heures (locales). Il a en outre ajouté que «plusieurs personnes [avaient] été tuées dans l'accident». Plus de trois heures après l'accident, des équipes de secouristes s'attelaient encore à chercher des personnes dans les décombres. Leur commandant a décrit des conditions de travail particulièrement difficiles, les passagers nécessitant une prise en charge psychologique. Plusieurs hélicoptères en provenance d'Autriche ont été mobilisés pour transférer les blessés graves vers les hôpitaux.
Quelques heures après cette première déclaration, une source policière a fait état d'un nouveau bilan de 9 morts et de 150 blessés dont 44 grièvement. Par ailleurs, une personne est portée disparue.
On ignorait dans l'immédiat l'état des conducteurs, a indiqué dans un communiqué la compagnie Meridian, filiale de la compagnie française Transdev, elle-même filiale du groupe Veolia. La cause de l'accident n'a pas été déterminée dans l'immédiat. Seule la lecture des trois boîtes noires permettra de comprendre l'origine de l'accident. En 2011, la mise en place d'un nouveau système de sécurité ferroviaire nommé PZB90 devait prévenir les risques de collision. Malgré sa présence sur ce tronçon, le drame n'a pu être évité.
Le ministre de l'Intérieur, Joachim Herrmann (CSU), a tenu à saluer la réactivité des pompiers qui sont arrivés sur les lieux du drame en l'espace de trois minutes. «Il est presque incroyable de voir à quelle vitesse les secours sont arrivés.» Se réservant de pointer une défaillance technique ou humaine, il a déclaré qu'il fallait laisser l'enquête se poursuivre. Angela Merkel s'est dite de son côté «bouleversée» par la tragédie et a présenté ses condoléances aux familles des victimes.