La Cour des comptes a adressé à Beauvau au mois d'octobre 2020 un référé rendu public le 12 janvier 2021 dans lequel elle juge l'organisation du travail en police «peu lisible et inadaptée» ainsi que «particulièrement coûteuse».
Le sujet de fond de cet état des lieux est en réalité le coût astronomique des heures supplémentaires réalisées par les policiers nationaux, avec un arriéré de paiement gigantesque auquel Christophe Castaner avait commencé à s'attaquer avant d'être sommairement débarqué du ministère de l'Intérieur à l'été 2020. Il reste pourtant encore 20 millions d'heures supplémentaires à solder par le ministère.
Les magistrats de la Cour semblent s'alerter dans ce document, ainsi que le relève le journal Les Echos, de la gestion du temps de travail par le ministère : «La Cour n'a pas obtenu un recensement précis des cycles de travail appliqués dans les différentes directions et services territoriaux de la Direction générale de la police nationale.»
Par ailleurs, la Cour des comptes préconise de «cesser d'accorder de nouveaux dispositifs de compensation venant alimenter le nombre d'heures de repos.» Or il s'agit là, pour Beauvau, d'un des leviers de de négociation avec les corps intermédiaires policiers.
Solution proposée par les magistrats financiers : inciter les agents à se faire payer leurs heures supplémentaires plutôt que de les laisser accumuler des droits au repos en majorant le taux horaire des heures effectuées la nuit et les jours fériés... une augmentation en somme ou une «hausse de la rémunération», comme le formule le journal Les Echos.