«S'il ressort des investigations que le rôle de Wenceslas Munyeshyaka durant le génocide de 1994 a pu susciter de très nombreuses interrogations (...) l'instruction n'a pas permis, au final, de corroborer de façon formelle des actes précis et certains d'une participation active» a indiqué le procureur de la République dans un communiqué pour expliquer sa décision.
C'est désormais aux juges d'instruction d'ordonner ou non le renvoi du prêtre, premier Rwandais à avoir été visé par une plainte en France pour ce génocide, devant une cour d'assises.
Wenceslas Munyeshyaka est accusé par le Tribunal pénal international pour le Rwanda et par des rescapés du génocide d’avoir coordonné le massacre de Tutsis réfugiés dans sa paroisse de Kigali. Certains le soupçonnent d'avoir lui-même assassiné certains d'entre eux.
Le prêtre réfugié en France depuis septembre 1994, officie désormais en Normandie et s'active notamment auprès des Scouts de France.