Le 26 septembre, Le Canard enchaîné a affirmé qu'Emmanuel Macron avait «biffé les noms des trois candidats au poste de procureur de Paris, poste stratégique s'il en est», pourtant retenus par la chancellerie : Maryvonne Caillibotte, avocate générale à Paris, Marie-Suzanne Le Quéau, procureure générale de Douai, et Marc Cimamonti, procureur de Lyon. L'hebdomadaire a d'ailleurs assuré que c'était «du jamais vu dans les annales judiciaires». Le Figaro a également fait savoir que le président suivait particulièrement ce dossier. Les déboires judiciaires de l'ex-conseiller du président, Alexandre Benalla, et de la ministre de la Culture, Françoise Nyssen, y sont peut-être pour quelque chose, le parquet de Paris étant en charge de ces deux affaires.
Indignée, l'opposition s'est empressée de réagir. Sur la chaîne Public Sénat, le député Les Républicains (LR) des Alpes-Maritimes, Eric Ciotti, a estimé que la «volonté [d'Emmanuel Macron] d’imposer ses amis sur la justice entrav[ait] l'intérêt général, notamment en matière de protection des Français dans la lutte contre le terrorisme».
La présidente du Rassemblement national (RN), Marine Le Pen s'est moquée de l'attitude d'Emmanuel Macron alors même que le chef de l'Etat reproche régulièrement à la Hongrie et à la Pologne de ne pas respecter l'Etat de droit : «Immixtion du président de la République dans la nomination du procureur de Paris : les Hongrois et les Polonais doivent bien rigoler !»
«Après s'être ingéré dans le fonctionnement du Sénat et de sa commission d'enquête, Emmanuel Macron s'ingère dans le fonctionnement de la Justice en exigeant un procureur de Paris à sa botte ? Cet homme veut le pouvoir, tout le pouvoir», s'est inquiétée Esther Benbassa, sénatrice Europe-Ecologie Les Verts (EELV).
Le député communiste de Seine-Maritime, Sébastien Jumel, a ironisé sur le nouveau monde prôné par la majorité actuelle : «Macron fait plus ancien que l’ancien monde. Séparation des pouvoirs, circulez (traversez la rue) y’a rien à voir.»
Député La France insoumise (LFI) du Nord, Ugo Bernalicis a proposé pour sa part un changement dans les institutions : «Il faut d'urgence garantir l'indépendance de la justice : instaurer un conseil supérieur de la justice responsable devant le Parlement.»
Pour rappel, le président nomme les procureurs sur proposition de la ministre de la Justice et avis du Conseil supérieur de la magistrature.
Le nouveau candidat remplacera François Molins, arrivé en 2011, à la fonction de procureur de la République de Paris. Celui qui était devenu le visage de l'antiterrorisme français doit en effet quitter le parquet de Paris en novembre, pour intégrer la Cour de cassation.