Au cours d'un entretien accordé le 19 avril au journal Le Figaro, le candidat Les Républicains a laissé entendre qu'il pourrait être l'homme à abattre pour les djihadistes, en raison de ses prises de position sur la lutte contre le terrorisme islamique.
François Fillon a ainsi estimé qu'il n'était pas «impossible» que les terroristes aient dans leur ligne de mire «le candidat [ayant] le projet le plus radical contre le totalitarisme islamique». Le candidat Les Républicains (LR) a également assuré que le ministre de l'Intérieur l'avait prévenu de l'interception d'un message le désignant comme cible.
Le 18 avril, à Marseille, deux individus soupçonnés d'avoir planifié des attentats contre des meetings de campagne de candidats à l'élection présidentielle ont été arrêtés. Depuis, l'Unité de coordination de la lutte antiterroriste (Uclat), qui fixe le niveau de la menace terroriste visant les candidats sur une échelle de 1 à 4 – le niveau 1 correspondant au risque le plus élevé – a classé le candidat Les Républicains au niveau 2 des personnalités menacées. Marine Le Pen est au niveau 3, Emmanuel Macron et Jean-Luc Mélenchon au niveau 4.
Pour mémoire et selon une source proche de l'enquête citée par l'AFP, un photomontage avait été retrouvé dans l'appartement des deux suspects, montrant l'un des deux hommes avec Le Monde du 16 mars, où figurait François Fillon à la une, ainsi qu'un pistolet-mitrailleur Uzi et une inscription en arabe signifiant «loi du talion».
En outre, le jour-même de l'arrestation des deux individus suspectés de terrorisme, un ordinateur portable, des munitions, deux brassards de police ainsi qu’une clé USB avaient été dérobés d'une voiture de location ayant conduit François Fillon à Lille. Aucun lien n'a toutefois été établi par les autorités entre ce vol et le projet d'attentat.
François Fillon n'est pas le seul candidat à la présidentielle sur lequel plane l'ombre de la menace terroriste. En effet, les services de sécurité de Marine Le Pen et d'Emmanuel Macron ont annoncé avoir reçu le 13 avril les photos des deux suspects arrêtés ultérieurement à Marseille.